Ingénieur Bioinformaticien en analyse de données omiques H/F

Missions du service :

La personne recrutée soutiendra l'activité des chercheurs·es et étudiants·es bioinformaticiens·nes dans les équipes « Bio-Informatique Moléculaire » (BIM) et « Séquence, Structure et Fonction des ARN » (SSFA) de l'I2BC. Elle participera aux projets de recherche et à la conception et au développement de logiciels d'analyse, de bases de données et interfaces utilisateurs·rices, dans le domaine de la génomique et de données haut-débit (transcriptomique, traductomique…). Elle sera sous la responsabilité hiérarchique d'un des deux responsables d'équipe.

Activités principales de l’agent·e :

• Mettre en place et participer à des projets d'analyse/fouille de données de séquences à haut débit (génome/transcriptome/traductome/protéome)
• Déployer et assurer la maintenance de services bioinformatiques en ligne sur différentes plateformes (cluster local, cloud, serveurs web)
• Assurer une veille technologique sur les bonnes pratiques de développement et sur les méthodologies pertinentes pour les équipes d'accueil
• Diffuser et valoriser des savoir-faire bioinformatiques dans l'I2BC via une participation aux activités de la plateforme de bioinformatique de l'unité (20% du service)
• Conseiller et former aux techniques et outils développés
• Encadrer des stagiaires de niveau L2 à M2 (un à deux par an)
• Recueil, analyse et traitement des données

Connaissances, savoirs :

• Connaissance approfondie des outils et concepts utilisés en bioinformatique des génomes (génome/transcriptome/protéome)
• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)
• Biologie (connaissance générale)
• Master en bioinformatique
• Anglais niveau B1

Savoir-faire :

• Maîtrise des langages Python et R
• Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow (Nextflow et/ou Snakemake)
• Expérience en production de conteneurs Linux (Docker, Singularity/Apptainer)
• Bonne pratique de la maintenance de code et de la gestion de versions (git, github/gitlab)
• Connaissance approfondie des bases de données de séquences, de l'analyse des données NGS et de l'analyse de réseaux biologiques
• Maîtrise de la conception et la maintenance en Base de Données relationnelles (PostgreSQL)

Savoir-être :

• Sens du relationnel et de la communication
• Curiosité scientifique et technique, dynamisme
• Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés