Chercheur post-doctoral en génomique des populations d’arbres F/H

Le GPR Bordeaux Plant Sciences est un consortium unique de 11 laboratoires d'excellence du campus bordelais spécialisé dans l'étude des plantes.
Votre mission s'insère dans l'axe de recherche PERFIT “Perennial woody plant fitness in a changing world: making use of genomic resources to increase productivity and resilience”.
Votre travail consistera à évaluer la diversité génomique et le fardeau génétique à partir de données génomiques disponibles pour diverses espèces ligneuses. Pour cela, vous utiliserez les pipelines disponibles de la phase 1 du projet et vous appliquerez des méthodes basées sur l'apprentissage automatique, en tenant compte des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) et des variations structurelles (SV).
Vous constituerez une base de données de variants interrogeables pour la mise en place de la sélection assistée par la génomique d'allèles favorables et défavorables à l'amélioration des espèces ligneuses, pérennes.

# Plantes ligneuses domestiquées
• Vous réalisez une annotation fonctionnelle des SNP et des SV chez l'amandier ( Prunus dulcis Batsch et espèces apparentées) et le cerisier ( Prunus avium L.), au travers de la construction de pangénomes qui fournira des informations sur leur impact sur les régions codantes des gènes, les éléments régulateurs et le dosage génétique
• Vous effectuez des prédictions des mutations délétères à l'aide de méthodes basées sur la conservation évolutive et l'apprentissage automatique
• Vous évaluez l'impact de la domestication et de la sélection sur le fardeau génétique et l'architecture génomique à l'aide d'une approche de génomique comparative, en confrontant les résultats obtenus pour ces espèces avec ceux déjà disponibles pour l'abricotier, P. armeniaca, et la vigne, plus éloignée sur le plan phylogénétique, en collaboration avec deux projets Horizon Europe en cours
# Plantes ligneuses sauvages
• Vous effectuez une prédiction des mutations délétères à l'aide de méthodes basées sur la conservation évolutive et l'apprentissage automatique chez l'arbre tropical Dicorynia guianensis
• Vous caractérisez des associations génotype-environnement (GEA) et génotype-phénotype (GWAS) pour identifier les mutations bénéfiques liées à l'adaptation au climat et/ou aux traits sous-jacents de fitness et de performance (GWAS)
• Vous calculez les statistiques « allèles efficaces positifs » (PEAs) par comptage au niveau individuel et au niveau de la population. Ces statistiques sont similaires aux statistiques utilisées pour caractériser le fardeau génétique dans les approches développées au cours de la phase 1

A savoir : Vous aurez accès au cluster de calcul INRAE Genotoul. Vous serez supervisé par Véronique Decroocq (BFP) et Myriam Heuertz (BIOGECO), en lien avec le coordinateur du projet Santiago González-Martínez (BIOGECO). Des réunions régulières seront organisées avec l'ensemble du consortium afin de discuter des analyses à mener et d'échanger sur l'interprétation des résultats.

Titulaire d'un diplôme de Doctorat, vous avez déjà abordé le domaine de la génomique des populations d'arbres ou de plantes. Vous avez de très bonnes connaissances :
· en génomique des populations,
· en génétique d'association génotype-environnement et/ou GWAS,
· en écologie et gestion des ressources génétiques naturelles,
· en génétique quantitative et sélection végétale.[MH1]
Vous faites preuve d'autonomie, d'une bonne organisation et d'une grande rigueur scientifique, vous savez partager en équipe, vous maîtrisez l'anglais niveau B2/C1.
Vous vous reconnaissez ? Postulez-vite !
Plus d'informations :
En rejoignant ce poste vous serez intégré à l'équipe PrADAM qui pilote activement, à l'échelle nationale et européenne, des projets cruciaux centrés sur la diversité génétique des espèces fruitières à noyaux. Notre objectif est d'intégrer les impératifs de résilience et d'adaptation aux changements climatiques dans la conception des programmes d'amélioration variétale du futur.

Basé à Villenave d'Ornon - accès tram C (arrêt Vaclav Havel puis 20 min à pied) bus 5, 34 et 87, vélo.
CDD de 16mois
Salaire mensuel brut : 2750 €

Avantages liés au poste :
50 jours de congés annuels dès la première année
Prise en charge à 75% de l'abonnement aux transports en commun de Gironde
Participation à la mutuelle à hauteur de 15€ / mois
Restauration subventionnée
Des offres loisirs, sport et culture pour tous les personnels
Forfait "mobilités durables" sur trajet domicile – travail
Parcours d'accueil et formations



Processus de recrutement : les candidatures sont étudiées tout au long de la publication. Après la période de publication de l'annonce, nous prendrons contact avec les candidats retenus pour un entretien organisé avec le(s) manager(s) et le chargé de recrutement.
Pour être complète, votre candidature doit comporter votre CV, une lettre de motivation (1 page max), une liste de vos publications, lettre(s) de recommandation et coordonnées de vos précédents superviseurs.
[MH1]Il faut respecter notre choix des compétences clés